鑒於屬內地居民之外地僱員，在申請《往來港澳通行證》時，只要授權本澳具權限部門能讀取其指紋資料，便可使用本澳的自助通道，無須另外辦理登記手續，因此內地居民可使用《往來港澳通行證》作虹膜通關查驗證件。倘外地僱員屬香港居民、台灣地區人士，或外籍人士，經完成本澳自助通關登記，其之外地僱員身份認別證可用作虹膜通關查驗證件。