不會，澳門居民或香港永久性居民使用港澳居民來往內地通行證（含非中國籍）自助過關入境澳門，不影響原有按照澳門居民身份證或香港永久居民身份證資料作出入境記錄的規則，也不會影響在澳日子的計算。